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L'approccio di una profilazione genomica estesa dei tumori

Foundation Medicine® analizza a fondo il tessuto tumorale

Per la profilazione molecolare dei tumori Foundation Medicine® utilizza la tecnologia di sequenziamento di nuova generazione (NGS)* basata su Hybrid-Capture, che comprende tutte le regioni del tumore che altri test come l'IHC, la FISH o il test multigene hotspot NGS non sono in grado di rilevare completamente.1–13 La profilazione genomica estesa dei tumori registra in un pannello completo non solo le mutazioni note, ma anche quelle sconosciute - con le quattro principali classi di alterazioni genomiche - oltre al carico mutazionale del tumore (TMB), o al carico mutazionale del tumore su sangue (bTMB), e all'instabilità dei microsatelliti (MSI).†1-7

Test hotspot basato su NGS

In questa procedura vengono sequenziate aree genomiche predefinite (hotspot) di geni correlati ai tumori.20

Test Foundation Medicine®1-4,7,21

La profilazione genomica estesa utilizza la tecnologia NGS basata su Hybrid-Capture per analizzare l'intera sequenza codificante di geni correlati al tumore.

Questa procedura permette di identificare in un unico sequenziamento tutte le quattro classi di alterazioni genomiche e di determinare gli stati TMB e MSI, come anche i valori di LOH e HRD per il carcinoma ovarico.

MSI ALTERAZIONI GENOMICHE FIRME GENOMICHE Riconosciuto Riconosciuto Riconosciuto Riconosciuto Misurato Misurato TMB SOSTITUZIONEDI BASI INSERZIONE/DELEZIONE VARIAZIONEDEL NUMERODI COPIE CARICOMUTAZIONALE DEL TUMORE* INSTABILITÀ DEI MICROSATELLITI*

* TMB e MSI sono indicati nei referti FoundationOne®CDx e FoundationOne®Heme, bTMB e MSI-alto nel referto FoundationOne®Liquid CDx.

Validazione dei servizi FoundationOne®

Validati e supportati da dati clinici

I nostri servizi sono supportati da un vasto e crescente numero di evidenze cliniche. Dalla fondazione di Foundation Medicine® sono stati pubblicati oltre 450 articoli.15,16 La validazione dei servizi di Foundation Medicine® nel campo della profilazione molecolare estesa dei tumori è stata pubblicata su importanti riviste specializzate soggette a peer review.4–7
A R TICLE S D e vel o pm e n t a nd v a lid at io n o f a cli n ic a l c a nc e r g e nomic profilin g t es t b ase d o n m a ssiv e ly p a r alle l DN A seq ue n c i n g G a r r e t t M r a m p t o n 1 , 9 , A l e x F i c h t e n h o l t z 1 , 9 , G e o ff A O t t o 1 , K a i W a n g 1 , S e a n R D o w n i n g 1 , J i e e 1 , M i c ha e l S c h n a l l - L e v i n 1 , J a r e d W h i t e 1 , E ri c M S a n f o r d 1 , P e t e r A n 1 , J a me s S u n 1 , r a n k J u hn 1 , K r i s t ina B r e n n a n 1 , K i e l I w a n i k 1 , A s h l e y M a i l l e t 1 , J a m i e B u e l l 1 , E m i ly W h i t e 1 , M a n d y Zha o 1 , S o h a i l B a l a s u b r a m a n i a n 1 , S e lmi r a T e r z i c 1 , T ina R i c h a r ds 1 , V e r a B a nn i n g 1 , L az a r o G a r c i a 1 , K r is t e n M a h o n e y 1 , Z ac Z w ir k o 1 , A m y D o n a h u e 1 , H i mis ha B e l t r a n 2 , 3 , J u a n M ig u e l o s q u e r a 3 , 4 , M a rk A R u b i n 3 , 4 , S n j e z a na D o g a n 5 , C y r u s V e d v a t 5 , M i c ha e l F B e rg e r 5 , L a jo s Pus z t a i 6 , M a t t h i a s L e ch n e r 7 , C h r i s B o s h o ff 7 , Mi r na J a r o sz 1 , C h r i s t ine V i e t z 1 , A l e x a r k e r 1 , V in c e n t A M i l l e r 1 , J e ff r e y S R o ss 1 , 8 , J o h n C u r r a n 1 , M a u r e e n T C r o n i n 1 , P h i l i p J S t e p h e ns 1 , D o r o n L i p s o n 1 & R o m a n Y e l e n s ky 1 As more clinically relevant cance r genes a re identified, comprehensive diagnostic ap proaches are nee ded to match patients to © rights reserved. (Predecessore di FoundationOne®CDx) Validazione pubblicata suNature Biotechnology 2013 4
Basato sulla nostra vastapiattaforma analiticamentee clinicamente validatae omologata dalla FDA* 18,19
Analyti c a l V alidati o n o f a Hybrid Capture e Base d Next-G e neratio n Sequencing Clinica l Assa y fo r Genomi c Pro lin g o f Cell-Fre e Cir c ulating T um o r DN A T rav i s A . Cla r k, * Jo n H . Chung, * Mar k Kenned y , * Jaso n D . Hu g hes, * Nir u Chenn a giri, * Dan i e l S . Liebe r , * Bernar d Fendl e r , * Laur e n Y o u ng, * Mand y Zha o , * Micha e l Coy n e, * V irg i ni a Breese, * Genev a Y oung, * Am y Donahue, * Dea n Pavlic k , * A l yss a T sir o s, * T i m oth y B r ennan, * Sh a n Zhong, * T ar i q Mu g hal, * Mar k Bail e y , * Ji e He, * Steve n Roel s , * G a rret t M . Frampto n , * Jil l M . Spo e rke, y Stev e n Gendr e au, y Mar k Lackn e r , y Eric a Schl e ifman, y Eri c Peters, y Je f fr e y S . Ross, * Sira j M . Ali, * V inc e n t A . Mille r , * Je f fre y P . Gregg, z Phili p J . Stephens, * Alliso n W el s h, * Geo f f A . Otto, * an d Doro n Lipson * jmd.amjpa t hol.org Th e Journa l o f Molecula r Diagnostics , V ol . 20 , No . 5 , Septembe r 2018 Validazione pubblicata sul Journal of MolecularDiagnostics 2018 6
Basato sulla nostrapiattaforma analiticamentee clinicamente validata 5
Regula r Article L YMPH O I D NEOPLASI A Integrate d genomi c DNA/RN A pro lin g o f hematologi c malignancie s in th e clinica l setting Ji e He, 1, * Oma r Abdel- W ahab, 2,3, * Michell e K . Nahas, 1, * Ka i W ang, 1, * Raaji t K . Rampal, 2,3 Andre w M . Intlekofe r , 4,5 Ja y Patel, 3 Andre i Krivsto v , 4,6,7 Garret t M . Frampton, 1 Laure n E . Y oung, 1 Sha n Zhong, 1 Mar k Baile y , 1 Jare d R . White, 1 Steve n Roels, 1 Jaso n De f fenbaugh, 1 Ale x Fichtenholtz, 1 T imoth y Brennan, 1 Mar k Rosenzweig, 1 Kimberl y Pelak, 1 Kristin a M . Knapp, 6 Kristin a W . Brennan, 1 Am y L . Donahue, 1 Genev a Y oung, 1 Lazar o Garcia, 1 Selmir a T . Beckstrom, 1 Mand y Zhao, 1 Emil y White, 1 V er a Banning, 1 Jami e Buell, 1 Kie l Iwanik, 1 Je f fre y S . Ross, 1 Debora h Morosini, 1 Ana s Y ounes, 5 Ala n M . Hanash, 8 Elisabet h Paietta, 9 Kathry n Roberts, 10 Charle s Mullighan, 10 Ahme t Dogan, 1 1 Scot t A . Armstrong, 4,6,7 T ari q Mughal, 1,12 Jo-Ann e V ergilio, 1 Elain e Labrecque, 1 Rache l Erlich, 1 Christin e V ietz, 1 Roma n Y elensk y , 1 Phili p J . Stephens, 1 V incen t A . Mille r , 1 Marce l R . M . va n de n Brink, 8,13 Geo f f A . Otto, 1 Doro n Lipson, 1 an d Ros s L . Levine 2,3,6 1 Founda t io n Medi c ine , Ca m bridge , MA; 2 L e ukemi a Service , Departmen t o f Medicine, 3 Huma n Oncolog y an d Pathogen e si s Prog r am, 4 Cance r Biolog y and Ge n etic s Pr o gram, 5 L ymphom a Service , Departmen t o f Medicine, 6 Leukemi a Cente r , 7 Departmen t o f Pediatri c s , and 8 Bon e Marro w T ran s plan t S e rvice, Depar t men t o f Medicine , Memoria l Sloa n Ketter i n g Can c e r Center , Ne w Y o rk , N Y ; 9 Departmen t o f Medicin e (Oncology) , Alber t Einstei n Colleg e o f Medicine, Y eshi v a University , Ne w Y o rk , N Y ; 10 Departmen t o f Pathology , St . Jud e Childr e n s Researc h Hospital , Memphis , TN; 1 1 Departmen t o f Pathology , Me m orial Sloa n Ketter i n g Cance r Center , Ne w Y ork , N Y ; 12 Divisio n o f Hematolo g y a n d Oncology , T uft s Universi t y Medic a l Cen t er , B o ston , M A ; and 13 Divisio n of Hematolo g i c Oncology , Departmen t o f Medicine , Memoria l Sloa n K e tterin g Cance r Center , Ne w Y ork , N Y Ke y Points Nove l clinica l l y avail a ble comp r ehen s iv e geno m ic Th e spectru m o f somati c alteration s i n hematol o gi c malignan c ie s include s substitut i ons, insertion s /deletion s (indels) , cop y numbe r alteration s (CNAs) , an d a wid e rang e o f gene fusions ; n o curren t clinicall y availabl e singl e assa y captu r e s th e di f feren t type s of alteration s . W e develope d a nove l next-gener a tio n sequencin g -base d assa y t o identif y all For personal use onl y . on March 26, 2018. by guest ww w .bloodjournal.org From Validazione pubblicata su Blood 2016 7

* La profilazione tumorale estesa fornisce informazioni prognostiche, diagnostiche e predittive che servono da base per le decisioni terapeutiche per i singoli pazienti in tutti i tipi di tumore.

† TMB e MSI sono indicati nei referti FoundationOne®CDx e FoundationOne®Heme, bTMB e MSI-alto nel referto FoundationOne®Liquid CDx.

bTMB: blood mutational tumour burden (carico mutazionale del tumore su sangue). FDA: US Food and Drug Administration [autorità sanitaria statunitense per gli alimenti e i farmaci]. MSI: microsatellite instability (instabilità dei microsatelliti). NGS: next generation sequencing (sequenziamento di nuova generazione). TMB: tumour mutational burden (carico mutazionale del tumore). IHC: immunoistochimica. FISH: ibridazione in situ a fluorescenza. CDx: diagnostica complementare.

M-CH-00002386 (giugno 2022)

Riferimenti
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