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Der Ansatz von einem umfassenden genomischen Tumorprofiling

Foundation Medicine® untersucht das Tumorgewebe eingehend

Foundation Medicine® verwendet für das molekulare Tumorprofiling eine Hybrid-Capture basierte Next-Generation-Sequencing-Technologie (NGS)*, die alle Regionen des Tumors erfasst, welche andere Tests wie IHC, FISH oder NGS-Multigen-Hotspot-Tests nicht vollständig erfassen können.1–13 Beim umfassenden genomischen Tumorprofiling werden neben den bekannten Mutationen auch unbekannte erfasst - samt der vier Hauptklassen der Genveränderung in einem umfassenden Panel, der Tumormutationslast (TMB) oder Tumormutationslast aus dem Blut (bTMB), sowie der Mikrosatelliteninstabilität (MSI).†1-7

NGS-basierter Hotspot Test

Bei diesem Verfahren werden vordefinierte Gen-Bereiche (Hotspots) von krebsrelevanten Genen sequenziert.20

Foundation Medicine®-Test1-4,7,21

Das umfassende genomische Profiling nutzt die Hybrid Capture-basierte NGS-Technologie, wodurch die gesamte kodierende Sequenz krebsrelevanter Gene analysiert wird.

Dieses Verfahren ermöglicht innerhalb einer Sequenzierung die Identifikation aller vier Klassen der Genveränderungen sowie die Bestimmung des TMB-und MSI-Status, als auch des LOH- und HRD-Wertes für das Ovarialkarzinom.

MSIMICROSATELLITEN-INSTABILITÄT*REARRAN-GEMENTKOPIENZAHL-VARIATIONINSERTIONDELETIONBASEN-SUBSTITUTIONErkanntGENOMISCHE SIGNATURENGENOMISCHE ALTERATIONENErkanntErkanntErkanntGemessenGemessenTUMOR MUTA-TIONAL BURDEN*TMB

* TMB und MSI werden im FoundationOne®CDx und FoundationOne®Heme Bericht ausgewiesen, bTMB und MSI-High bei FoundationOne®Liquid CDx.

Validierung der FoundationOne®-Services

Validiert und durch klinische Daten gestützt

Unsere Serviceleistungen werden von einer grossen und stets zunehmenden Anzahl klinischer Evidenzlage gestützt. Seit der Gründung von Foundation Medicine® wurden über 450 Publikationen veröffentlicht.15,16 Die Validierung der Serviceleistungen von Foundation Medicine® im Bereich des umfassenden molekularen Tumorprofilings ist in führenden Peer-Review-Fachzeitschriften veröffentlicht.4–7
ARTICLESDevelopmentandvalidationofaclinicalcancergenomicprofilingtestbasedonmassivelyparallelDNAsequencingGarrettM Frampton1,9,AlexFichtenholtz1,9,GeoffAOtto1,KaiWang1,SeanRDowning1,Jie He1,MichaelSchnall-Levin1,JaredWhite1,EricMSanford1,PeterAn1,JamesSun1, FrankJuhn1,KristinaBrennan1,KielIwanik1,AshleyMaillet1,JamieBuell1,EmilyWhite1,MandyZhao1,SohailBalasubramanian1,SelmiraTerzic1,TinaRichards1,VeraBanning1,LazaroGarcia1,KristenMahoney1,ZacZwirko1,AmyDonahue1,HimishaBeltran2,3,JuanMiguel Mosquera3,4,MarkARubin3,4,SnjezanaDogan5,CyrusV Hedvat5,MichaelFBerger5,LajosPusztai6,MatthiasLechner7,ChrisBoshoff7,MirnaJarosz1,ChristineVietz1,Alex Parker1,VincentAMiller1,JeffreySRoss1,8,JohnCurran1,MaureenTCronin1,PhilipJStephens1,DoronLipson1&RomanYelensky1Asmoreclinicallyrelevantcancergenesareidentified,comprehensivediagnosticapproachesareneededtomatchpatientsto© rights reserved.(Vorgänger von FoundationOne®CDx)Validierung veröffentlicht in Nature Biotechnology 20134
FoundationOneCDx_validierung_v1 Beruht auf unserer analytisch und klinisch validierten, von der FDA zugelassenen umfassenden Plattform †18,19
AnalyticalValidationofaHybridCaptureeBasedNext-GenerationSequencingClinicalAssayforGenomicProlingofCell-FreeCirculatingTumorDNATravisA.Clark,*JonH.Chung,*MarkKennedy,*JasonD.Hughes,*NiruChennagiri,*DanielS.Lieber,*BernardFendler,*LaurenYoung,*MandyZhao,*MichaelCoyne,*VirginiaBreese,*GenevaYoung,*AmyDonahue,*DeanPavlick,*AlyssaTsiros,*TimothyBrennan,*ShanZhong,*TariqMughal,*MarkBailey,*JieHe,*StevenRoels,*GarrettM.Frampton,*JillM.Spoerke,yStevenGendreau,yMarkLackner,yEricaSchleifman,yEricPeters,yJeffreyS.Ross,*SirajM.Ali,*VincentA.Miller,*JeffreyP.Gregg,zPhilipJ.Stephens,*AllisonWelsh,*GeoffA.Otto,*andDoronLipson*jmd.amjpathol.orgTheJournalofMolecularDiagnostics,Vol.20,No.5,September2018Validierung veröffentlicht in Journal of Molecular Diagnostics 20186
Beruht auf unserer analytisch und klinisch validierten Plattform5
RegularArticleLYMPHOIDNEOPLASIAIntegratedgenomicDNA/RNAprolingofhematologicmalignanciesintheclinicalsettingJieHe,1,*OmarAbdel-Wahab,2,3,*MichelleK.Nahas,1,*KaiWang,1,*RaajitK.Rampal,2,3AndrewM.Intlekofer,4,5JayPatel,3AndreiKrivstov,4,6,7GarrettM.Frampton,1LaurenE.Young,1ShanZhong,1MarkBailey,1JaredR.White,1StevenRoels,1JasonDeffenbaugh,1AlexFichtenholtz,1TimothyBrennan,1MarkRosenzweig,1KimberlyPelak,1KristinaM.Knapp,6KristinaW.Brennan,1AmyL.Donahue,1GenevaYoung,1LazaroGarcia,1SelmiraT.Beckstrom,1MandyZhao,1EmilyWhite,1VeraBanning,1JamieBuell,1KielIwanik,1JeffreyS.Ross,1DeborahMorosini,1AnasYounes,5AlanM.Hanash,8ElisabethPaietta,9KathrynRoberts,10CharlesMullighan,10AhmetDogan,11ScottA.Armstrong,4,6,7TariqMughal,1,12Jo-AnneVergilio,1ElaineLabrecque,1RachelErlich,1ChristineVietz,1RomanYelensky,1PhilipJ.Stephens,1VincentA.Miller,1MarcelR.M.vandenBrink,8,13GeoffA.Otto,1DoronLipson,1andRossL.Levine2,3,61FoundationMedicine,Cambridge,MA;2LeukemiaService,DepartmentofMedicine,3HumanOncologyandPathogenesisProgram,4CancerBiologyandGeneticsProgram,5LymphomaService,DepartmentofMedicine,6LeukemiaCenter,7DepartmentofPediatrics,and8BoneMarrowTransplantService,DepartmentofMedicine,MemorialSloanKetteringCancerCenter,NewYork,NY;9DepartmentofMedicine(Oncology),AlbertEinsteinCollegeofMedicine,YeshivaUniversity,NewYork,NY;10DepartmentofPathology,St.JudeChildrensResearchHospital,Memphis,TN;11DepartmentofPathology,MemorialSloanKetteringCancerCenter,NewYork,NY;12DivisionofHematologyandOncology,TuftsUniversityMedicalCenter,Boston,MA;and13DivisionofHematologicOncology,DepartmentofMedicine,MemorialSloanKetteringCancerCenter,NewYork,NYKeyPointsNovelclinicallyavailablecomprehensivegenomicThespectrumofsomaticalterationsinhematologicmalignanciesincludessubstitutions,insertions/deletions(indels),copynumberalterations(CNAs),andawiderangeofgenefusions;nocurrentclinicallyavailablesingleassaycapturesthedifferenttypesofalterations.Wedevelopedanovelnext-generationsequencing-basedassaytoidentifyallFor personal use only.on March 26, 2018.by guestwww.bloodjournal.orgFromValidierung veröffentlicht in Blood 20167

Das umfassende Tumorprofiling stellt prognostische, diagnostische und prädiktive Erkenntnisse bereit, die als Grundlage für Behandlungsentscheidungen für einzelne Patienteninnen und Patienten über alle Krebsarten hinweg dienen.

TMB und MSI werden im FoundationOne®CDx und FoundationOne®Heme Bericht ausgewiesen, bTMB und MSI-high bei FoundationOne®Liquid CDx.

bTMB: Blood mutational tumour burden (Tumormutationslast aus Blut). FDA: US Food and Drug Administration [US Gesundheitsbehörde für Lebens- und Arzneimittel]. MSI: microsatellite instability (Mikrosatelliteninstabilität). NGS: next generation sequencing (Sequenzierung der nächsten Generation). TMB: tumour mutational burden (Tumormutationslast). IHC: Immunohistochemistry. FISH: Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung. CDx: companion diagnostic.

M-CH-00002386 (Juni 2022)

Verweise
  1. FoundationOne®CDx Technical Specifications, 2021. www.foundationmedicine.com/test/foundationone-cdx (Accessed Feb 2022).
  2. FoundationOne®Liquid CDx Technical Specifications, 2021. https://www.foundationmedicine.com/test/foundationone-liquid-cdx (Accessed Feb 2022).
  3. FoundationOne®Heme Technical Specifications, 2021. www.foundationmedicine.com/genomic-testing/foundation-one-heme (Accessed Feb 2022).
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